Основа практики Сахаджа-Йоги — пробуждение внутренней энергии Кундалини человека, или иначе говоря, получение инициации (шактипат дикши, сахаджа-йоги называют её самореализацией) от Шри Матаджи или уже инициированных ею учеников. Процесс инициации обычно заключается в высказывании желания получить чистые истинные божественные знания, стать учителем и хозяином самому себе, проявить свою истинную суть (атман). После этого обычно Кундалини, насколько сможет, в зависимости от состояния тонкого тела человека, поднимается до Сахасрара-чакры, что выражается в ощущении прохладного ветерка над головой и на ладонях.

    Последующая практика в основном сводится к тому, что практикующий искатель (садхака), признавая Кундалини своей божественной матерью и своим божественным гуру (учителем), отдаёт себя на её волю, совершая таким образом праннотхану (следование ума за праной). Далее Кундалини сама занимается духовным совершенствованием своего ученика, очищает и просветляет его тонкое тело. Цель практики — после полного очищения тонкого тела добиться полного слияния (йоги) Кундалини с брахма-шакти в Сахасрара-чакре.

    В качестве основного средства работы над собой в Сахаджа-Йоге используется медитация. Применяются также чистки с использованием первоэлементов (в древней трактовке) и пением мантр. Не возбраняется практика других школ йоги (к примеру, хатха-йоги и классической йоги Патанджали) и вообще любая деятельность, позитивная с точки зрения вибраций Парамчайтаньи, которые практикующий Сахаджа Йогу человек может ощущать на своих ладонях, стопах и других частях тела.

    Вибрации Парамчайтаньи сообщают искателю о том, какие вещи, события и явления окружающего мира и какой тип его собственного поведения являются благоприятными для его духовного развития (и в частности для физического и психического здоровья), а какие - пагубными. Вибрации Парамчайтаньи всегда дают объективную оценку вещам, событиям и явлениям. Эта оценка является коллективной в том смысле, что сколь угодно много практикующих Сахаджа Йогу людей почувствуют одинаковые вибрации от одних и тех же предметов или событий. Например, священные писания основных мировых религий, такие как Коран или Библия излучают прохладные приятные вибрации, что свидетельствует об их духовном содержании, добре и любви, которую они несут читателю. Книги же о колдовстве, ворожбе, гаданиях, магии источают теплые или даже жаркие, колющие неприятные вибрации. Таким образом сахаджайог всегда отличит благоприятное от неблагоприятного, доброе от злого, истинное от ложного.